Sai lầm của trọng tài cũng là một trong những điểm nóng mà gây nhiều tranh cãi của kì World Cup này. Ở trận vòng 1/8 của hai đội Đức và Anh, trọng tài Jorge Larrionda đã sai lầm khi không công nhận bàn thắng hoàn toàn hợp lệ của Frank Lampard, khi tỉ số chiến thắng đang là 2-1 cho Đức, đây được nhiều người liên tưởng làm cho là sự tương đồng với sai lầm tại trận chung kết World Cup 1966 nhưng trái ngược quan hệ đối tượng 2 đội trong tình huống này và báo chí Đức gọi đây là"Sự trả thù"cho chính thiệt thòi của họ ngay ở Sân vận động Wembley (1923) tại Luân Đôn của chính nước Anh. Trọng tài Howard Webb bỏ qua tình huống Nigel de Jong vào bóng nguy hiểm đạp thẳng vào ngực Xabi Alonso, một pha bóng xứng đáng nhận thẻ đỏ, nhưng ông chỉ tặng De Jong một thẻ vàng. Ngoài ra, ở trận đấu vòng 1/8 giữa Archentina và Mexico, trọng tài người Ý Roberto Rosetti cũng đã công nhận một bàn thắng trong lỗi việt vị rất rõ ràng của Carlos Tévez.